Árið 2000, stjórnvöld og nokkrir uppreisnarmenn undirritað friðarsamkomulaginu. Árið 2001 var bráðabirgðareglur stjórnarskrá samþykkt, og Buyoya varð forseti aðlögunartímabili ríkisstjórn. Í febrúar 2005, kjósendur samþykkt nýja stjórnarskrá sem tryggir bæði Hutu og Tutsi ákveðinn hluti laga- sæti, skáp innlegg, og hernaðarlega hlutverk. Í júlí 2005 voru haldnar fyrir þjóðþinginu og Öldungadeild. Í september 2006, ríkisstjórnin og aðeins eftir uppreisnarmanna hópi, National Liberation Forces (FNL), undirritað vopnahlé samkomulagi.
993, sem Hutus vann formennsku og stjórn þingsins. Í október var forseti drepinn af Tutsi hershöfðingjarnir í coup, og ofbeldi gosið milli Hutus og Tutsis, þannig sumir 100.000 dauður. The coup mistókst, og Hutu-ráða ríkisstjórn var í pawer til ársins 1996 þegar það var umturnað af hernum.
