þjóðarbrotum og trúarbrögðum munur milli Azerbaijanis og Armenians á svæðinu leiddi til spennu milli tveggja hópa. Spennu hækkaði í lok 1980 og berjast brutust út í Nagorno Karabakh, aðallega armenska svæði innan Aserbaídsjan. Árið 1990 sovéskir hermenn voru sendir til svæðisins til að endurheimta röð.
Á 1990-91, hækkandi þjóðernishyggju í gegnum stéttarfélags lýðveldi smám veðra vald Sovétríkjanna ríkisins. Árið 1991 Sovétríkin hrunið og Azerbaijan varð sjálfstætt. Einnig á því ári, Azerbaijan gekk í Samveldi sjálfstæðra ríkja (CIS), að missa Samtök fyrrverandi Sovétríkjanna lýðveldi. Á 1992 bardaga milli Azerbaijanis og Armenians í Nagorno Karabakh eflst.
Í júní 1992, Abulfez Elchibey varð fyrst almennt kosinn forseti Aserbaídsjan. Á 1993 Aserbaídsjan sveitir orðið nokkur hörmulegar ósigra á hendur uppreisnarmanna Armenians, sem fanga öll Nagorno-Karabakh og hluta af nærliggjandi svæðum. Sumarið 1993, Elchibey umturnað var af faction í hernum. Heydar Aliyev var skipaður starfandi forseti, og í október 1993, var kjörinn forseti. Vorið 1994, var vopnahlé samið milli Azerbaijanis og uppreisnarmanna Armenians.
