Árið 1888 Brunei, Sarawak og Norður Borneo varð breska protectorates. Fjórum árum síðar mörkin var fastur á milli breskra og hollenskra eigur á eyjunni. Á World War II sum strandsvæði Borneo voru frátekin af Japönum. 1946 Sarawak og Norður Borneo voru gerðar breskum nýlendum, en Brunei haldist British varið Sultanate. Dutch Borneo sameinaðist Sumatra, Madura og Java árið 1949 til að mynda Indónesíu.
Árið 1963 Sarawak og Norður Borneo (endurnefna Sabah) gekk Malaya og Singapore í að móta sjálfstæða landið Malasíu. Andstöðu Indónesíu til stofnunar Malasíu leiddi til vopnaðra átaka á Borneo; berjast endaði 1966 Brunei varð sjálfstætt árið 1984.