Í níundu öld vestur Turkestan varð ríki múslima persneska Samanids, sem gerði Bukhara (höfuðborg sinni) keppinautur Bagdad í fegurð og menningu. Stjórn á svæðinu féll Turks 999, og frumbyggja voru smám saman frásogast af þeim.
Mongólar Genghis Khan sigraði öll Mið-Asíu á 1219-20, og Turkestan varð hluti af Mongol Empire . Röð viðhaldið af Mongólum gert það mögulegt fyrir Marco Polo til að ferðast yfir gamla Silk Road til Kína í 1270 er, og leiðir verslun blómstraði fyrir nokkrum öldum.
Eins og Mongol Empire tók að brjóta upp í 14. öld, Tamerlane greip vald í vestri. Undir erfingja hans, þó heimsveldi hans minnkaði í Bukhara-Samarkand svæðinu, og í upphafi 16. aldar hvarf. Turkestan var skipt á milli fjölda stríðandi tyrkneska tignir. The Silk Road varð of hættulegt að nota; Anthony Jenkinson, enskur kaupmaður, í 1558 gæti farið ekki lengra austur en Bukhara. Sea leiðum til Asíu hafði fundist, hins vegar, og Mið-Asíu var ekki lengur máli að hinum vestræna heimi.
Um miðja 18. öld Russia stækkað í norðvesturhluta Turkestan, og Kína fór sniðgekk suðausturhluta svæðisins. Endanlegar svæðisbundnar kröfur Rússa kom á seinni hluta 19. aldar. Árið 1922 Vestur og miðhluti Turkestan varð hluti af Sovétríkjunum. Soviet Turkestan var gert upp á Uzbek, túrkmenska, hebreska, kirgiska, og hluti af Kazakh Sovétríkjanna sósíalískum lýðveldi. Árið 1991, eftir fall Sovétríkjanna, þessi lýðveldi varð sjálfstætt. 
[1] [2]