Í mars, 1939, hermenn Hitlers ráðist og skipuðu restina af Tékkóslóvakíu. Bohemia og Moravia var viðauki til Þýskalands; Slóvakía var sett upp sem sjálfstætt ríki í þýskri vernd. A stríð-tími ríkisstjórn í útlegð var stofnað af Benes í London árið 1940. Á World War II, Czechoslovaks grimmilega skæruliðahernað gegn nasista atvinnu öfl. Einn athöfn refsiaðgerða af nasistum var lokið eyðileggingu þorpinu Lidice. Landið var frelsað af sovéska og bandaríska hermenn. 1944-45.
Kommúnistar ná völdum
Eftir stríðið, prewar landamæri Tékkóslóvakíu voru aftur, nema fyrir austurenda eyjarinnar landsins (Ruthenia), sem var felld inn í Sovétríkin. Flest Sudeten Þjóðverjar voru reknir. A ríkisstjórn, sem fylgir kommúnista, var skipulögð með Benes forseti. Við landið undir stöðugum þrýstingi frá Sovétríkjunum, sem Czechoslovak kommúnistaflokksins var fær til að auka vald sitt. Í febrúar 1948, að kommúnistar voru nógu sterkir til að grípa stjórn á ríkisstjórn. Skömmu síðar utanríkisráðherra Jan Masaryk, sonur fyrsta forseta og leiðandi andstæðingur-kommúnista, fannst látinn undir dularfulla aðstæður. Í maí, 1948. a strangari stjórnarskrá í stað lýðræðislega stjórnarskrá 1920. Mánuði Beneš sagði,
Hin nýja ríkisstjórn var undir sterkum áhrifum af Sovétríkjunum brotið bæði á heilsu og í anda. Og haldið nálægt verslunar og menningarlegum samskiptum við önnur Sovétríkjanna gervihnattarásum löndum. Allt atvinnugreinar voru þjóðnýtt. Öll andmæli kommúnista var felld. Undir Antonin Novotny, sem varð kommúnista hluti} höfðingi árið 1953 og forseti Tékkóslóvakíu árið 1957, að ríkisstjórnin væri einn af mest þvingandi í Austur-Evrópu. Árið 1960 ný stjórnarskrá var samþykkt, boða Tékkóslóvakíu sósíalisti lýðveldi í raun gert það stjórnvöld háð vilja Kommúnistaflokksins.
Um nokkurt skeið, þrýstingi hefði verið vaxandi meðal fólks fyrir frelsi í kommúnista stjórn. Þegar lofað umbótum kom ekki, hópur yngri og framsæknari kommúnista, undir Slovak kommúnista leiðtogi Alexander Dubcek, útskúfað Novotny frá völdum snemma árið 1968. víðtækar pólitísk, efnahagsleg og félagsleg umbætur voru tilkynnt.
The Soviet Union, óttast að kröfur um umbætur myndi breiða út til annarra kommúnista sveitin löndum og þannig veikja stöðu sína, reyndi að hræða Czechoslovaks og koma stans á frelsi program. Þegar þetta tilraun mistókst, sovéskir sveitir og hermenn frá öðrum gervihnöttum ráðist Tékkóslóvakíu í ágúst 1968. Innrásin o