Boone í Missouri
Jafnvel áður Kentucky var tekin eins og ríki í 1792, lendir þess hefði orðið dýrmætur. Boone lagði kröfu til fjölda svæða í Kentucky; kröfur hans voru aldrei almennilega skráð, þó, og hann missti að lokum allar landinu sem hann hélt að væri eins og hans. Í 1788 hann og fjölskylda hans settist að í hvað er nú West Virginia. Þau fluttu til Missouri (þá spænsku yfirráðasvæði) árið 1799, uppgjör á spænsku land styrk nálægt St. Louis.
Boone var skipaður sýslumaður á sínu umdæmi árið 1800, og starfaði þar til landsvæði var ceded til United ríki í 1803. En hann missti titla til síns lands. Hann hélt áfram að vinna hörðum höndum, hins vegar, og árið 1810 var fær til koma aftur til Kentucky til að borga gamlar skuldir sem hafði órótt honum. Þetta gerði hann nánast peningalaus.
kona Boone dó 1813. Í 1814 Congress aftur eignarhluti sína til hans í viðurkenningarskyni þjónustu sína til landsins. Boone og kona hans eru grafnir í ríki kirkjugarðinum á Frankfort, Kentucky.
Boone er nefndur sem höfundur The Discovery, uppgjör og núverandi stöðu Kentucke (1784), en bókin var skrifuð af John Filson, skólakennari. Það er líklega enginn grundvöllur fyrir sögunni, að tré stendur enn ber yfirskrift "D. Boon cilled bar á þessu tré."