Þrátt fyrir óvild, í 1517 páfinn ráðinn listamaðurinn til að byggja upp konunglegu nýja framhlið fyrir kirkju San Lorenzo, í Flórens, Medici fjölskyldan grafreit. Aftur, Michelangelo var rekið sem leiða leikmaður í þriggja ára óskapnaður af verkefni sem var að lokum yfirgefin.
Brottflutning framhlið verkefnisins u.þ.b. féll við kosningar til Papal hásæti annars snemma vinur listamaður, Pope Clement VII, sem ráðinn Michelangelo að byggja gröf kapella fyrir Medici fjölskyldunnar. Næstu fimmtán árin, Michelangelo átti erfitt með að koma til lífsins metnað Medici fjölskyldunnar í gegnum áætlanir fyrir Medici Chapel. En verk hans var rofin með pólitískum óstöðugleika svo mikil að það hættu lífi sínu og olli stutta útlegð í Feneyjum.
Frekari, framtíðarsýn Michelangelos fyrir kapellunni fóru stöðugt breytingar og efla aldur hans kom mein sem bættust með lífi harður líkamlega vinnu. Með dauða föður hans í 1534, Michelangelo upplifað tímabil sorg og eftirsjá sem nær sigraði hann. Hann fór Flórens í síðasta sinn í september 1534. Hann sneri aftur aldrei til borgarinnar mestu vegna Medici valdhafa þess, Alessandro og þá Cosimo I.
Á sama tíma á undanförnum árum orðið vitni poka af Róm og hófst í hættulegt tímabil Counter-siðaskipta. Engu að síður, Michelangelo var fagnað og vernduð af Pope Clement VII sem skömmu áður en hann lést í september 1534, ráðinn listamaðurinn til að búa til gríðarlega Fresco sem sýna upprisuna fyrir altari vegg Sistine Chapel.
Kjörinn til að fylgja valdatíma Klemens VII páfi Paul III staðfest þóknun Michelangelos af gríðarlegri Fresco. En í dimma daga 1534 Róm, var efni upprisunnar séð af nýju páfa sem hvorki við né fulltrúa átt að kirkju. Þó dýrð upprisunnar hafði verið persónulegt val hins látna Clement VII, að skriftaboðununum skapi Síðasta Dómur gegnheill Fresco, fullur ghastly tölur og nekt, endurspeglast áföll sem hafði rokkuðu kirkjuna undanfarin ár. Grafík og ógnandi efni hennar var hneyksli og ofbeldi gagnrýni. Vatican embættismenn, hneykslaður af nekt Fresco er, merkt Michelangelo Heretic og samtímamanna bænaskrá fyrir eyðingu þess. En listamaðurinn fékk og tók hælis í stuðningi Páls III og eftirmaður hans, Pope Julius III. The Fresco óbreytt þar til í janúar 1564. En um það bil einn mánuð fyrir andlát Michelangelos, söfnuði kirkjuþingið í Trent kusu að " bre
var val fyrir nýkjörna reformer páfa.
