Nokkrar Framhaldsskólar veitt Payne-Gaposchkin heiðursverðlaun gráður . The Royal Astronomical Society kjörinn henni meðlimur á meðan hún var enn í námi í Cambridge. Hún varð einnig meðlimur í American Astronomical Society, American Philosophical Society og American Academy of Arts og vísindi. Hún vann National Research Council Fellowship; Framhaldsnám Medal of Radcliffe Alumnae Association; Annie Jump Cannon Award of the American Astronomical Society; Henry Norris Russell Prize, American Astronomical Society; Úrskurður Merit, Radcliffe College; og Rittenhouse Medal, Franklin Institute.
Gaposchkins átti þrjú börn, Edward, Katherine, og Peter. Katherine varð stjörnufræðingur og lið upp með móður sinni að birta nokkrar greinar saman. Hún ritstýrði einnig ævisögu móður sinnar, Cecilia Payne-Gaposchkin: ævisögu og aðrar endurminningar (1984). Hún lést þann 7. desember, 1979.