Fyrsta starf Whipple er í Harvard var að skoða nákvæmni ljósmynda plötum himins. Til að gera verkefnið áhugaverðara, hann skoðað ljósmynda neikvæður um halastjörnur. Í tengslum við þessa vinnu, uppgötvaði hann sex halastjörnur, sem öll bera nafn hans.
Snemma á ferli sínum, Whipple sett fram til að læra meira um meteors. Til að ná þessu, hugsað hann tveggja stöð til ljósmyndunar aðferð til að mæla á braut meteors. Notkun myndavél með snúningur shutters, Whipple tók ljósmyndir af meteors á mismunandi stöðum. Hann lærði þá ljósmynda plötum til að ákvarða andrúmslofti draga meteors ', hraða, og braut um sólina. Whipple áfram þessa rannsókn þar til hún var rofin með World War II (1939-1945). Frá rannsóknum sínum sem hann kenningu að halastjörnur tengdust meteors og hafði svipaða samsetningu. Þessi rök hjálpaði honum móta hugmynd að Halastjarna kjarnar voru eins óhreinum snjókast.
Árið 1932 Whipple var skipaður kennari í stjörnufræði við Harvard háskóla, fara að fyrirlesari sex árum síðar. Á World War II, vann hann að stríð rannsókna í tengslum við Harvard Radio Research Laboratories, launin Presidential Vottorð um Merit árið 1948. Í stríðslok er 1945, Whipple aftur til Harvard þar sem hann hét dósent. Fimm árum síðar var hann gerður að prófessor, hélt hann þeirri stöðu þar til 1977 þegar hann lét af störfum sem Phillips, prófessor í Astronomy emeritus. Á Harvard starfstíma hans starfaði hann einnig sem formaður deildarinnar stjörnufræði.
Eftir Meteor rannsóknum sínum, Whipple rannsakað sporbraut 40 halastjörnur til að leysa vandamál sem undrandi vísindamenn. Stjörnufræðingar voru óviss hvers vegna sumir halastjörnur auka brautum sínum á meðan aðrir missa orku og minnka orbits þeirra. Whipple til kynna að samsetning kjarnans í boði skýringu. Þegar halastjarna er í burtu frá sólinni og í kulda rúm, líkist það frosið ís boltanum. En eins og halastjarna nálgast sólina, ísinn byrjar að bráðna. Þegar ísinn lag gufar upp. það veldur lofttegundir og agnir í ís til að fljúga í burtu frá sólinni. Þetta
