Árið 1928, Condon gekk Columbia háskóli sem lektor í eðlisfræði. Seinna það ár, varð hann lektor í eðlisfræði við Princeton háskólann. Á næsta ári er hann kenndi eðlisfræði við háskólann í Minnesota. Hann sneri aftur til Columbia 1930, þar sem hann var til 1937.
Condon þróað mest af upprunalegu framlag hans til framfara fræðilegum eðlisfræði meðan við Princeton. Túlkun hans á hár orka róteindakeðju dreifingar skýrara kjarnorku sterkt afl, sem lagði grunninn að nútíma kjarnorku kenningar og verulega áhrif á þróun rannsókna í lotukerfinu orku. Hann gerði einnig framlög í massagreini sameinda og í skilningi skammtafræði vélrænni grundvelli sameinda titring mæld með innrauðri litrófsgreiningu og snúningi lýsa um sameindir.
Árið 1937 Condon flutti til Pittsburgh til að taka þátt í Westinghouse Electric og Manufacturing Corporation sem hlutdeildarfélag forstöðumaður rannsókna. Hann hjálpaði leiða fyrirtækið í kjarnorku aldri með því að bæta og einbeita helstu forrit kjarnorkurannsóknum. Í upphafi 1940, var hann ráðgjafi fyrir National Defense vísindanefnd og hjálpaði að þróa lofti ratsjárkerfi til notkunar í síðari heimsstyrjöldinni (1939-1945). Hann hjálpaði einnig til að finna Geislavarna Laboratory í Massachusetts Institute of Technology (MIT). Einnig í byrjun 1940, J. Robert Oppenheimer skipaður Condon félagi forstöðumaður þáverandi leyndarmál Los Alamos rannsóknarstofunni, þar sem hann beitt vinnu sína á massagreini til aðskilnað úran samsætur fyrir lotukerfinu vopn. Frá 1943-1945, starfaði hann á Geislavarna Laboratory í Berkeley á massagreiningu úran samsæta aðgreiningar fyrir kjarnorkusprengju. Eftir stríðið, Condon byrjaði að skrifa og tala í viðleitni til að fræða almenning um stefnu ákvarðanir um hernaðarlega notkun kjarnorku. Hann trúði því að borgaralegu stjórn á kjarnavopn þróun og framleiðslu var einn af lyklunum að forðast kjarnorku stríð.
Árið 1945 varð hann forstöðumaður National Bureau of Standards og starfaði sem vísindi ráðgjafi Öldungadeild sérstök nefnd á Atomic Energy, undir formennsku Senator Brian McMahon. Árið 1946 McMahon-Douglas frumvarp komið borgaralega Kjarnorkubandalags framkvæmdastjórninni
