Kínín er lyf sem hafði lengi verið gert úr berki af kínabarkar tré, í Andes fjallgarðinn Suður-Ameríku. Það var einu sinni aðeins þekktur meðferð malaríu. World War II (1939-1945) olli skortur á kínín, sem var notað í framleiðslu linsa auk verðmæta tilgangi sínum að draga úr malaríu hita. Í upphafi 1940, Woodward varð ráðgjafi fyrir Polaroid Corporation, framleiðendur af sjón efni. Woodward sannfærður Polaroid til að styðja rannsóknir í staðinn fyrir Kínín kristalla sem notaðar linsur. Með vísindamaður William E. Doering við Columbia University, Woodward náð fyrsta myndun kínín 1944 eftir aðeins 14 mánaða tilraunastarfsemi.
Þeir notuðu koltjöru afleiður þekktur sem Ben-zaldehyde. Koltjöru er þykkur, svartur vökvi fæst sem aukaafurð við framleiðslu á kók og koksofnagas frá mjúkum kolum. Ýmis efni eru fengin úr koltjöru. Upphafið með einfaldri sameind. Woodward bæta við eða fjarlægja kolefnisatóm þar til hann myndast beinagrind af afurðinni sem óskað er. Hann festi þá hliðarhópar til að mynda byggingu sem óskað sameindina. Ferlið við efnasmíði kínín þátt 17 viðskipti á að smíða kolefni uppbyggingu og þá fjölda fleiri viðbrögð við gera það kínín. Uppskrift Kínín er C2H24N2O2 · 3H2O. Tilbúið lyf sem hafa skipt kínín í meðferð við malaríu eru nú klórókín meflokin og primaquine.
Þremur árum eftir að smíða kínín, í samstarfi við Harvard lífræna efnafræðingur Charles H. Schramm, Woodward skapað prótein hliðstæðu. Prótein eru stór, flókin efnasambönd sem samanstanda af smærri einingar kallast amínósýrur. Amínósýrumar eru tengd saman í langar keðjur sem kallast fjölpeptíðum. Schramm og Woodward skapað prótein hliðstæðu því að tengja einingar af amínósýrum í langa keðju. Af þeim leiða Fjðlpeptfðin seinna voru notuð í framleiðslu á plasti og gervi sýklalyfjum. Þeir voru einnig mikilvægt tæki til rannsóknar á umbrot próteina.
Woodward headed fyrsta liðið til að smíða stera, flokk efnasambanda mikilvægum í efnafræði, líffræði og læknisfræði. Sterar eru steróla, svo sem kólesteról; gallsýrur úr lifur; adrenal hormón; og kynhormónum, svo sem eins og estrógen og androgen. Árið 1951, liðið náð fyrsta heildar myndun stera, með orthotoluidine, a kol-tjöru afleiðu. Þeir samþætt stera kólesteról og kortisón.
Woodward fór að smíða aðra komplexa, þ.mt lanósterói (1954), strychnine og lysergic sýru (1954), reserpín (1956), og colchicíns (1963). Woodward ákvarðað uppbyggingu penicillin árið 1945 og patúlí
