Undir lok 1953, Oppenheimer var sakaður um að vera hættuleg til Bandaríkjanna og, í desember 1953, öryggi úthreinsun hans var frestað. Oppenheimer var gefinn kostur á að segja sig úr GAC eða hafa heyrn. Oppenheimer neitaði að segja og krafðist heyrn. Á 1954 skýrslugjöf margir vísindamenn og opinberir embættismenn staðfest hollustu Oppenheimer er. Engu að síður, á maí 27, 1954, öryggi stjórn neitaði að endurskipa öryggi úthreinsun Oppenheimer, jafnvel eins og það viðurkennt hollustu hans. Þótt AEC sagt strax samning sinn við hann, níu árum síðar sýndu honum með sína Enrico Fermi Award.
Auk þess að halda áfram að beina Institute for Advanced Study, Oppenheimer skrifaði nokkrar bækur á næstu árum , þar á meðal Vísindi og sameiginlegan skilning (1954), The Open Mind (1955) og The Flying Trapeze:. Þrjár kreppur fyrir eðlisfræðinga (1964)
Árið 1994, á eftirlaun KGB (Soviet leyndarmál lögreglunnar) almennt krafist í ævisögu sinni að Oppenheimer hafi sent lotukerfinu leyndarmál til Sovétríkjanna. Þar sem Ævisaga er fyllt með villa, vísindasamfélagið almennt áfram að trúa því að Oppenheimer aldrei vísvitandi svikið land sitt. 
[1] [2]