Þar eintök sett í smásjám eru einnig háðar tómarúmi, gangast þeir stundum frekari undirbúning til að tryggja að þeir halda upp undir svo erfiðar aðstæður. Lífsýni, til dæmis, eru yfirleitt þurrka áður en þeim er komið fyrir í SEM. Annars, lágt loftþrýstingur tómarúmi myndi valda vatn í lífsýnum að gufa fljótt, eyðileggja sýnið í því ferli. Önnur eintök eru frystar áður en þau eru skoðuð, og enn aðrir eru efnafræðilega meðhöndlað þannig að þeir lifa af stækkunargleri ferli.
Vísindamenn, eins ljósmyndara, hafa a fjölbreytni af stjórna yfir myndunum sem þeir framleiða. Stækkun, fókus, andstæða og birta á myndinni eru öll á fingurgómana af rekstraraðila SEM. Þó að sumir gerðir hafa tileinkað vélbúnaður fyrir þessar stillingar, því nýrri samþættingu tölvutæku eftirlit hefur bæði lækkað kostnað SEM og einfaldað rekstur þeirra.
Að lokum, ganga úr skugga um að virða nokkrar öryggisráðstafanir þegar starfa tækið. Í því ferli skönnun eintök, SEM búa litlar stigum geislun í formi röntgengeisla sem rafeindir undir yfirborði sýnishorn eru úr skorðum og komi öðrum rafeindum. Þó X-rays eru í eðli sínu hættuleg mönnum, ættir þú ekki að vera of áhyggjur rekur SEM. Flest hljóðfæri hafa mjög einangraðan klefa fyrirmynd, sem ætlað er að halda út raf- og segulmagnaðir truflunum, svo allir röntgengeislum í stækkun ferli ætti ekki ógnað rekstraraðila. Samt vísindamenn ættu að gæta þess að fylgja öllum öryggisráðstafanir varðandi rekstur SEM á stofnun þeirra.
