Indónesísku hermenn inn fyrrverandi nýlenda Portugual er Austur-Tímor árið 1975 til að koma í veg sjálfstæði-leitast uppreisnarmenn frá ná stjórn á yfirráðasvæði. Hermenn drepnir sumir þrjátíu af hundraði af Austur tímorskum íbúa milli áranna 1975 og 1976, þegar þeir fylgir landið. Átökum milli uppreisnarmanna og Indónesísku sveitir áfram um 1980 og 90. Árið 1999, East tímorskum samþykkt sjálfstæði þjóðaratkvæðagreiðslu. Um 2.000 manns voru drepnir af Indónesísku vopnaðra eftirfarandi atkvæða. Indonesia drógu herafla sínum þremur mánuðum síðar.
Á meðan Suharto eytt 1970 og 80 nútímavæða efnahagslífið en leggja þvingandi Dictatorial stjórn. Sem Indónesía 1990 hafði einn af the festa-vaxa hagkerfi heims. Valdastöðu voru fylltir með vinum Suharto er og fjölskyldu, sem margir hverjir urðu mjög auðugur. Þegar hagkerfið féll í djúpa lægð árið 1997 og 1998, gegnheill mótmæli skorðum Jakarta og nokkrum öðrum borgum. Suharto var sakaður um að hafa stolið nálægt til $ 600 milljónir frá ríkinu og neyddist til að segja af sér. Honum var skipt af Vice President BJ Habibie.
Árið 1999, innstreymi múslíma til að Moluccan eyjum (eða Spice Islands) í Austur-Indónesíu leiddi til bardaga milli múslima og kristinna þar sem meira en 5.000 manns voru drepnir .
Í lok 1999, Abdurrahman Wahid varð fyrsti lýðræðislega kjörinn forseti landsins í fjörutíu ár. Hins vegar var hann impeached um gjöld af spillingu í júlí 2001. Vice President Megawati Sukarnoputri varð forseti.
Árið 2002 voru meira en 190 manns lífið þegar hryðjuverkamaður sprengju var sprakk í Bali.
Í júlí og september 2004, Indonesia haldin fyrstu beinu forsetakosningunum þess. Enginn frambjóðandi fékk meirihluta atkvæða í fyrstu umferð. Eftir aðra umferð, Eftirlaun General Susilo Bambang Yudhoyono vann kosningarnar, sigra Megawati.
Mikil flóðbylgja af völdum neðansjávar jarðskjálfti undan Norður-Súmötru drap meira en 100.000 íbúar eyjarinnar í desember 2004. Eftir tsunami tengslin milli Indónesísku stjórnarhers og sjálfstæði-leitast uppreisnarmenn tóku að róa á svæðinu Aceh. Í ágúst 2005, en tveir hópar undirritað friðarsamkomulaginu. Aceh var veitt meira sjálfstæði (sjálf-regla) á Alþingi í júlí, voru 2006. Kosningar haldnar á svæðinu í dese
