Árið 2006, náttúruhamfarir drap fjölda fólks í Indónesíu. Meira en 5.800 manns létust á eyjunni Java þegar mikil jarðskjálfta laust í maí. Í júlí voru yfir 600 manns drepnir eftir tsunami skall í Java. Árið 2009, Yudhoyono var reelected.