Á fyrri nýlendutímann Panama var umdæmis innan Viceroyalty Perú. Í 1739, var þó sameinuð Kólumbíu í Viceroyalty New Granada. Þegar verslun minnkaði eftir 1746, Panama missti efnahagslegt mikilvægi þess og sérstakt gjöf hennar var afnumin. Eftir það var það stjórnast af Bogotá.
Panama Under Kólumbíu
Árið 1821 Panama fékk sjálfstæði sitt frá Spáni, og gekk í nýja lýðveldið Greater Kólumbíu. Nema um tíma í 1840-41, þegar bylting undir forystu Tomás Herrera gert Panama sjálfstæð í 13 mánuði, var það hluti af Kólumbíu til 1903.
The California Gold Rush árið 1849 gerði Panama velmegandi aftur eins mikil viðkomustað frá Atlantshafi til Kyrrahafs, og í Bandaríkjunum og Bretlandi tóku að íhuga mögulegar skurður leiðum. Árið 1855 United States fyrirtæki lokið járnbraut yfir Grandinn. Línan blómstraði þar til United States sjálft var þanið með járnbrautum árið 1869.
Árið 1880 tók De Lesseps Company, franska fyrirtækið sem hafði byggt Suez Canal, hóf byggingu skurður yfir Panama, en varð gjaldþrota áður en þú lýkur það. The United States gert ráðstafanir til að halda áfram með skurðinum, en Kólumbía neitaði leyfi. Hvattir af Bandaríkjunum, árið 1903 Panama lýsti yfir sjálfstæði frá Kólumbíu. A samningur var undirritaður útleigu til Bandaríkjanna ræma lands, sem heitir Panama Canal Zone, sitt hvoru megin við leiðina fyrirhuguð Canal, og einnig heimila afskipti af innanríkismálum Panama af Bandaríkjunum, sem tryggingu sjálfstæði nýja þjóðarinnar . Skurðurinn var smíðaður af Bandaríkjunum og opnaði árið 1914.
Panama Eins lýðveldi
Frá stofnun hins nýja lýðveldis, Bandaríkin tók sér gagnvart henni. Hermenn voru fluttir inn til að kveða niður truflanir kosningum árið 1908 og 1917, og í 1918 United States ráð lögreglu vald yfir Panama. Vaxandi American þátttöku í Panama málefnum olli mikil gremju, og í nýjum samningi árið 1936 var United States samþykkt að stefnu nonintervention. Þessi samningur var staðfestur árið 1939.
Ríkisstjórn Panama var tiltölulega stöðug, þótt forsetar voru svipti árið 1931, 1941, og 1951. Colonel José Remón, lögreglustjóri sem greip stjórnvöld árið 1951, var kjörinn forseti árið 1952. Árið 1955 var hann myrtur. Anti-United States viðhorf leiddi í ofáti árið 1959. Árið 1964, rioters mótmæla fljúgandi Bandaríkin fánar ráðist Canal Zone. Bandaríkin hermenn voru notuð til að hjálpa endurheimta röð innan svæðisins. Panama krafðist heill endurskoðun á samningum milli landan