The US Navy hófst framkvæma loftárásir og aðra starfsemi þjálfun á eyjunni Vieques árið 1941. Margir Puerto Ricans krafðist enda á æfingum. Mótmæli varð sérstaklega mikil árið 1999 eftir borgaraleg öryggisvörður var óvart drepinn í loftárásir æfingu. The Navy yfirgefið eyjuna árið 2003.
þjóðaratkvæðagreiðslum árið 1967 og 1972, Puerto Ricans kusu miklum meirihluta að halda Commonwealth stöðu eyjarinnar. Lítið Pro-sjálfstæði hreyfing var ábyrgur fyrir hryðjuverk í Puerto Rico og í Bandaríkjunum í 1970 og 1980 er. Rafael Hernández Colón, sem barist viðhalda COMMONWEALTH stöðu, var kjörinn ríkisstjóri árið 1984 og reelected árið 1988. Árið 1991 þjóðaratkvæðagreiðslu, með stuðningi Hernández Colón, að bar bein "já" eða "nei" atkvæði á statehood var ósigur, gefa hvati til orsök statehood. The New Framsóknarflokkinn, sem styður statehood, var kjörinn til valda árið 1992. Í 1993 þjóðaratkvæðagreiðslu, þó Puerto Ricans ákveðið að halda Commonwealth stöðu og 1998 þjóðaratkvæðagreiðsla hafði sömu niðurstöðu. Árið 2000, Sila María Calderón varð fyrsta konan landstjóri Puerto Rico.
Annar gubernatorial kosningar kom í Puerto Rico árið 2004. Niðurstöðurnar voru nálægt, og recount kjörseðla var skipað. Anibal Acevedo Vila var lýst sigurvegari.
A fjármálakreppan lokað skrifstofum stjórnvalda og skóla í Puerto Rico í tvær vikur í maí, 2006. Í nóvember sama ár, var fyrst velta Puerto Rico skattur, lagður til að búa til aukning í almannafé.