Aðeins 41 dögum síðar Johnson var forseti Bandaríkjanna. Hinn 15. apríl var hann opinberlega tilkynnt röð hans í kjölfar dauða Lincolns. The eið af embætti var gefið á hótelherbergi sínu með Chief Justice Salmon P. Chase. Þó að engin "loforða eða loforð, "Johnson virtist í fyrstu bitur til suðurs og var vitnað eins og að segja:" Samsæri, skal vera frægi, og svikara skal refsað og fátæk. "Þetta sannfærði róttækum Republicans, sem þing stjórnað, að hann deildi ásetning sinn að beita sterk regla á ósigur sambandsins.
Hins vegar, eftir áfallið af morðið hafði minnkað, Johnson kynna að hann ætlaði að fylgja svf stefnu Lincolns til suðurs. Hann sagði að það var tilgangur hans "að flýja frá ráðum momentary girndum og til að öðlast græðandi stefnu frá grundvallarreglum og óbreytanlegur meginreglur stjórnarskrárinnar."
Helstu skilmálar stefnu Johnson voru kynntar í tveimur yfirlýsingum út 29. maí 1865. Fyrsta veitt sakaruppgjöf öllum en mest áberandi fyrrum bandamanna. Hin aftur borgaraleg ríkisstjórn í North Carolina, boðar svipaða tilhögun öðrum bandamenn ríkjum. The róttækur, undir forystu Thaddeus Stevens í húsinu og Charles Sumner í öldungadeildinni, fordæmdi það sem þeir töldu mildi forsetans, óttast að Suður myndi endurheimta mikið af því sem það hafði misst í stríðinu.
Frá því í 1866 , Congress byrjaði að fara reikninga sem ætlað er að draga úr forsetans program. Hann vetoed þessar ráðstafanir. Hins vegar, eftir að róttækur fengið stuðningsmenn í 1866 kosningum, flestir víxlar voru sett á neitunarvald hans. Hann vantaði einnig adroitness Lincolns á pólitískum maneuver. The Radical program, sett fram í tveimur Reconstruction víxla liðin í mars 1867, var hvatt til herforingjar stjórnuðu á Suðurlandi, disenfranchisement fyrrum uppreisnarmenn, og ótakmarkaðan kosningarétt fyrir járnsmiður. Einnig, til að veikja framkvæmdastjóri vald, Congress staðist kjörtímabil laganna banna forseta frá fjarlægja úr skrifstofu embættismenn sem hafði verið skipuð með Öldungadeild staðfestingu. Allar þessar reikninga voru sett á neitunarvald Johnson.
Eftir dauða Lincolns, Johnson hafði sannfært skáp í myrtur forsetans að
