An snemma vandamál í nýja ríki var spurningin um þrælahald. Þó Illinois hafði verið bannað að slá í Evrópusambandið sem þræll ríkisins til helgiathöfn 1787, mest af fyrstu landnema hafði komið úr suðri, og það var mikil hreyfing að lögleiða þrælahald. Antislavery viðhorf var þó einnig mikil. Tillaga um að hringja í stjórnarskrá venju að setja lög spurningu var sigraður af almennum kosningum í 1824.
Eftir opnun Erie Canal í 1825, þúsundir landnema kom með vatni og breiða yfir norðurhluta bænum jörðum. Indian andstöðu við hvíta ágangi leiddi til Black Hawk War árið 1832, og árið 1833 allt Indian ættkvíslir, þar á meðal Potawatomi, Winnebago, Ottawa, og Chippewa, voru flutt vestur af Mississippi. Með því að fjarlægja af indíána, Chicago tók að vaxa hratt. Árið 1839, sem norður varð upp, höfuðborg var flutt til Springfield, sem var meira miðsvæðis. Íbúum á þessum tíma var um 476.000.
Nauvoo, á Mississippi River, var leyst með mormóna þegar þeir voru hraktir frá Missouri 1839. fagna í Illinois, Mormon leiðtogi Joseph Smith var gefið skipulagsskrá sem gerði borg hans nánast óháð ríkisins stjórnvalda. Fljótlega þó, kenning Smith um fjölkvæni outraged borgarar nágrannasveitarfélögunum. Árið 1844 Joseph Smith og bróðir hans Hyrum voru handteknir og tekin til nearby Carthage, þar sem múgur réðst inn í fangelsið og drap þá. Árið 1846 Nauvoo var í eyði af mormónum, sem fór Illinois fyrir Utah.
Framkvæmdir við Illinois-Michigan Canal (1836-48) og kynning á járnbrautir í 1838 fljótlega gerði Chicago miðstöð midcontinent flutninga og verslun. Kol námuvinnslu óx með járnbrautir, og iðnaður spratt upp um ástand. Í áratug íbúa tvöfaldast, úr 851,000 í 1850 til 1,712,000 árið 1860.
Civil War og Eftir
Það var misvísandi viðhorf á þrælkun í Illinois allt að þeim tíma af Civil War. Umræður á þrælahald spurningunni milli Abraham Lincoln og Stephen A. Douglas meðan á 1858 kosningabaráttunni fyrir Bandaríkin Senator vakið landsvísu athygli og hjálpaði til að knýja áfram Lincoln til formennsku árið 1860. Á Civil War, ríkið fylgir meira en 250.000 menn til að Union her, þar á meðal tveir benti hershöfðingj
