Þótt Missouri heimilt þrælahald, gerði það ekki secede frá Evrópusambandinu. Í upphafi Civil War, seðlabankastjóri Claiborne F. Jackson, sem studdi Suður, var steypt af stóli af hermönnum sambandsins. Þessi aðgerð leiddi til fyrsta lands bardaga stríðsins, börðust Boonville í júní, 1861. Það var eftir í ágúst eftir meiriháttar þátttöku í Wilsons Creek (nálægt Springfield). Missouri var áreitni um stríð við bandamenn skæruliða hljómsveitum eins Raiders Quantrill skipuleggjandi er.
síðari þróun
Eftir stríðið, Missouri inn í langan bata og readjustment. Róttækur Republicans haldið vald stuttlega, en voru á flótta af demókrata, sem vann kosningarnar í 1872 og er ríkjandi pólitíska afl á síðasta ársfjórðungi á 19. öld.
Þegar árnar voru helstu leiðum og steamboats æðstu ferðamát Missouri hafði náin tengsl við New Orleans og Suður-Evrópu. Hins vegar, eins járnbrautir voru framlengdur og steamboating lækkað, ríkið varð betur í bandalagi við Norður- og Austurlandi. St. Louis og Kansas City óx í stórum iðnaðar borgum. Margir evrópskir innflytjendur voru dregist að þessum nýju miðstöðvar framleiðslu. Laun haldist lágt, hins vegar, og það var útbreidd iðnaðar ólgu, með starfsmenn sláandi að krefjast umbóta. Einnig var mikið dreifbýli óánægju. Þótt bætt búskap aðferðir voru samþykktar og framleiðslu aukist, bændur ekki orðið efnaður.
Á fyrstu árum 20. aldar, umbætur gjafir á bankastjóra Joseph W. Folk (1905-1909) og Herbert W. Hadley (1909-1913) styrkt mörg framsækin ráðstafanir. Bein aðal, frumkvæði, og þjóðaratkvæðagreiðslan voru sett. Einokun voru sóttir til saka. Járnbrautir voru sett undir strangari eftirliti, og opinber þjónustufyrirtæki og barnaþrælkun lutu reglum.
Fyrstu tveir áratugir 20. aldarinnar voru velmegandi. Í upphafi 1920, þó, bæ lækkaði verulega og landbúnaður ríkisins var hljóp þunglyndi. A áratug síðar, Great Depression olli mikil efnahagslega erfiðleika. Á þessu tímabili, ríkið sett upp velferð forrit til að aðstoða þurfandi og stækkað opinberar framkvæmdir sínar áætlanir.
World War II leiddi fjölbreytni iðnaðar og almenna velmegun. Í stríðinu, fyrsta Missourian að verða forse
