Kuwait innrás í Írak, árið 1990 leiddi til Persaflóa stríðið 1991. Til að vernda Kúveit frá Írak innrás og að aka Íraka úr Kúveit, her bandalag undir forystu Bandaríkjanna sent hermenn til Saudi Arabíu. Ákvörðun Saudi stjórnvalda til að leyfa bandaríska hermenn í Saudi Arabíu, þar sem helgustu múslima síður eru staðsett var á móti bin Laden. Bin Laden og al-Qaida róttækan stækkað markmiðum sínum eftir Persian Gulf War 1991. Þeir kröfðust þess að erlend áhrif ætti að fjarlægja úr löndum múslima. Starfsemi bin Ladens gegn Saudi stjórnvöld lögðu að honum að finna skjól utan Sádi-Arabíu. Hann bjó í Súdan frá 1991 til 1996, þegar hann var rekinn af Sudanese ríkisstjórn, sem hafði verið þrýstingur af Bandaríkjunum og Sádi Arabíu. Hann færst þá stöð í Afganistan, þar sem hann bjó vernduð af Talíbana, sem var íhaldssamt Islamic hópur sem hafði vald yfir meginhluta þess lands.
The United States og bandamanna sveitir hafa haldið áfram að leita að bin Laden og aðrir leiðtogar Qaeda eftir fall talibana. Þótt margir af leiðtogum hafa verið tekin eða drepinn, aðrir leiðtogar, þar á meðal bin Laden, enn lausir. Það er talið af Bandaríkjunum og öðrum embættismönnum sem Bin Laden er í felum eftir Afghanistan-Pakistan landamærahéruðunum. Frá árinu 2001 hefur fjöldi hljóðupptökum og vídeó yfirlýsingar rekja til bin Laden verið frumsýnd með arabískum útvarpsþáttur stöðvar, einkum fyrir Al-Jazeera.