Auk þess að Nóbelsverðlaun, Watson hefur hlotið fjölda verðlauna þar á meðal John Collins Warren verðlaun Massachusetts General Hospital , 1959; sem Eli Lilly Award í lífefnafræði, 1960; sem Lasker Award American Public Health Association, 1960; John J. Carty Gold Medal of National Academy of Sciences, 1971; og Presidential Medal of Freedom, 1977. Hann hefur verið meðlimur í American Academy of Arts og vísindi síðan 1958 og National Academy of Sciences síðan 1962.
rnamerkt hann lítinn hluta af þeim fjármunum til að rannsaka siðferðileg málefni sem stafar af niðurstöðum verkefnisins. Allan starfstíma hans, Watson hafði fjölda stefnu ágreining við NIH og árið 1992, sagði hann.
