Eftir sjö ár í Sviss, Willstätter kom aftur til Þýskalands árið 1912 til að taka sér stöðu prófessors við Kaiser Wilhelm Institute of efnafræði í Berlin-Dahlem. Hann kenndi við háskólann frá 1912 til 1916. Það sem hann gerði rannsóknir á anthocyanins, hópurinn af litarefnum, mynduð í klefanum safa af plöntum, gerði Framleiðir djúp rauður, blár, Lavender og fjólubláa liti petals, lauf, rætur, eða ávöxtum. Litirnir séð í haust sm eru framleidd af anthocyanins. Willstätter lært gerði litblæir í hópi blómum eru framleidd af aðeins þremur anthocyanins með lítilsháttar munur efna. Eftir lok fyrri heimsstyrjaldarinnar (1914-1918), hann á rannsökuð ensíma, efni næðu flýta efnahvörfum í lífverum. Hann reyndist reyndar ensím voru íðefnum frekar en líffræðilegum lífvera.
rannsóknir Willstätter er af Ensímin sem taka þátt í ljóstillífun lagði grunninn að mörgum síðari uppgötvanir í nútíma lífefnafræði. The Nobel Nefndin heiðraður Nóbelsverðlaun í Willstätter með efnafræði árið 1915 fyrir rannsóknir sínar á blaðgrænu og öðrum litarefnum álversins.
Willstätter aftur til Munchen University árið 1916. Árið 1924, HVERNIG, sagði hann frá embætti við háskólann í ljósi andstæðingur-Semitic þrýstingi. By 1938, andstæðingur-Semitic ráðstafanir í nasista Þýskalands hafði orðið alvarlegt. Árið 1939 þurfti að flýja Willstätter, missa mest af eign sinni. Hann fluttist til Sviss og flutti til Locarno. Þar sem hann skrifaði ævisögu sína, úr lífi mínu (úr lífi mínu), sem birt var árið 1949 eftir dauða hans.
Willstätter vann Davy Medal of Royal Society of London árið 1932. Hann var Foreign Member af Royal Society of London og hélt heiðursverðlaun gráður frá nokkrum háskólum efst. Hann lést á ágúst 3, 1942 í Locarno í Sviss.