Þegar Jefferson varð forseti árið 1801 sem Louisiana Purchase hafði ekki enn verið gert og svæðið í kringum headwaters Missouri og Columbia ár var enn óþekktar með hvítu. Þessi mikla svæði var ekki hluti af Bandaríkjunum og stöðu hennar var óviss; það var sagt að tilheyra Frakklandi eða Spáni eða Bretlandi, eða enginn.
Einn af fyrstu ráðstöfunum nýja stjórn Jefferson var að kveða á um fullnægjandi rannsókn á þessu svæði, talin vera ríkur í furs, timbur og steinefni. Veturinn 1802-03 Congress samþykkt að fjárveitingu $ 2.500 í þeim tilgangi. Jefferson skipulagði aðila sem her leiðangur sendir af War Department.
Meriwether Lewis, einkaritari Jefferson, var sett í stjórn. Lewis spurði að William Clark, gamall vinur og samherja, vera co-leiðtogi leiðangri. Lewis var gefið framkvæmdastjórninni fyrirliða og Clark var gert Lieutenant. Lewis neitaði að þekkja muninn í tign. Clark var beint sem "fyrirliði" frá upphafi til enda og er kallað "Captain" Til þessa dags.
Lewis og Clark voru menn óvenjulegur líkamlega og andlega getu, og unnum vel saman sem lið. Báðir höfðu langa reynslu í eyðimörkinni lifandi og áin ferðast. Lewis var náttúrulegur leiðtogi og hafði fleiri vísindalegar huga. Clark var þjálfaður frontiersman með snillingur fyrir að semja við indíána.
Áhugaverðar staðreyndir um Lewis og Clark expeditionFor forystu þeirra, Meriwether Lewis og William Clark hver fékk 1.600 hektara (650 hektara) lands sem verðlaun. The hvíla af þeim mönnum fékk tvöfalda laun og 320 hektara (130 hektara). Túlkurinn Toussaint Charbonneau fékk til viðbótar $ 533,33 fyrir þjónustu sína. Kona hans Sacagawea fékk nothing.The landkönnuðir framhjá í gegnum það eru nú 11 ríki: Illinois, Missouri, Iowa, Kansas, Nebraska, Suður-Dakóta, North Dakota, Montana, Idaho, Oregon, og Washington.Sacagawea, eina konan til að gera umferð ferð, fæddi dreng, Jean Baptiste, á febrúar 11, 1805. Eftir leiðangur, Charbonneau og Sacagawea spurði Clark að hækka og fræða drenginn, og hann agreed.Several meðlimir aðila lið oft upp til að hafa samskipti við Indverjar. Að tala við Shoshone, til dæmis, Lewis og Clark talaði á ensku til Private F
