Leiðangurinn vinstri Fort Clatsop 23. mars 1806. Ferðast upp ána var miklu erfiðara en að koma niður hafði verið. Eftir fimm vikur þeir náð Indian ættkvísl sem þeir höfðu skilið hestana. Snjór var enn of djúpt í fjöllum fyrir þá að byrja landveg, svo þeir eyddi tveimur mánuðum með indverskum vinum sínum. Vel hvíldir og með ríflegum mat og hesta, sem aðili var í góðu ástandi þegar það byrjaði á ferð sinni aftur.
Þegar komið er yfir Continental Divide, sá aðskilin, Lewis taka einn hóp á nýja norðurleið, og Hópurinn Clark kanna til suðurs. Lewis stofnað stutta leið á milli Clearwater River og Great Falls á Missouri. Hann kannaði einnig Marias River, þar flokkurinn hans hafði skirmish með BLACKFEET indíána. Hópur Clark, leiðsögn um SACAJAWEA, sem var í kunnuglega landi, aftur með því að Yellowstone River. Leiðangurinn reassembled þar sem Yellowstone tengir Missouri.
Á Mandan Indian þorpum, einn meðlimur aðila, John Colter, fengið leyfi til að yfirgefa leiðangri fyrir lífi trapper. Hann sneri aftur til fjalla og er talin hafa verið fyrsti hvíti maðurinn til að setja fótinn í hvað er nú Yellowstone National Park. Á Mandan, einnig SACAJAWEA, sem trygg þjónusta hafði verið ómetanleg, vinstri aðila með fjölskyldu sinni.
Leiðangurinn náði St. Louis þann 23. september 1806. Þetta var tveggja ára, fjögurra mánaða og níu daga eftir að hún hafði skilið. Ekkert orð hafði borist frá meðlimum sínum síðan aftur á kjöl-bát eitt og hálft ár áður, og þeir höfðu verið gefið upp fyrir glataður. Orð örugga og árangursríka ferð þeirra var tekið með gleði og stolti af forseta Jefferson og öllu Bandaríkjunum.
Skýrslur af meðlimum Expedition
Forseti Jefferson hafði beint að athugasemdir tekið á landfræðilegum lögun af the ferð, Indian ættkvíslir, plöntur og dýr, og margir aðrir efni. Lewis hélt dagbók og Clark dagbók. Nokkrir fenginn menn skrifaði einnig niður athuganir sínar. Þessi skrá var talin einkaeign, hins vegar, og voru aldrei inn hjá ritara stríð. Congress gerði ekki tilraun til að fá skýrslurnar birtar, og tveir leiðtogar voru of uppteknir við önnur málefni.
Margar útgáfur af tímaritum voru prentuð á sér kostnað í gegnum árin, en ekki fyrr en 1904-1905 var lokið safn birt (sjö bindi og an Atlas, ritstýrði Reuben Gold Thwaites). Stytt útgáfa, Tímarit um Lewis og Clark (1953), var breytt af Bernard De Voto.
