Fyrir 10 árum, frá 1857, Pasteur starfaði sem forstöðumaður vísindarannsóknum á École Normale. Hann fór þessa færslu árið 1867 að leggja áherslu á rannsóknir hans. Í upphafi 1860, áttaði hann að vín verður bitur vegna örvera (sýklar) sem koma inn á vín á meðan það er verið að gert. Hann sýndi að beita stjórn magn af hita gæti drepið örverur án þess að breyta bragðið af víni. Þessi notkun á hita sem leið til að drepa sýkla varð þekkt sem gerilsneyðingu, eftir Pasteur. Pasteur notaði líka þessa aðferð til að varðveita mjólk, bjór og mat.
Árið 1865, Pasteur sett fram til að hjálpa silki iðnaður. Sjúkdómur sem heitir pebrine var að drepa á frábær fjölda silkworms. Hann vann nokkur ár til að sanna að örvera sem ræðst Silkiormur egg veldur sjúkdómnum. Hann sýndi að útiloka þetta sýkill í Silkiormur leikskóla myndi þurrka út sjúkdóminn. Rannsóknir hans í silkworm sjúkdómi vistað silki iðnaður í Suður-Frakklandi.
Pasteur sannað að margir sjúkdómar eru af völdum gerla sem margfalda í líkamanum. Hann reyndist einnig að ef örverur eru veikt í rannsóknarstofu og síðan sett í líkama dýri, dýr þróar friðhelgi (viðnám) til microbe. Hann kallaði þessa aðferð við að berjast af örverum bólusetningu. Pasteur reyndist verðmæti bólusetningu með bólusetningu kindur gegn alvarlegum smitsjúkdómum kallast miltisbrandur. Pasteur láni hugmyndir frá velgengni Edward Jenner, breskur læknir sem í 1790 er hafði fundið öruggt aðferð til að búa fólk ónæmur bólusótt. Jenner sáð ungan dreng með málið frá cowpox sár. Drengurinn þróað cowpox, tiltölulega skaðlaus sjúkdómi sem tengist bólusótt. En þegar Jenner síðar sprautað drenginn með efni úr bólusótt sár, drengurinn kom ekki niður með þann sjúkdóm. Lota hans með cowpox hafði hjálpað líkami hans að byggja upp ónæmi bólusótt. Klassískt tilraun Jenner var fyrsta formlega skráð bólusetningu.
Pasteur byrjaði árið 1881 að læra hundaæði, smitandi sjúkdómur breiða með biti hundaæði-sýktum dýrum. Hundaæði eyðileggur taugafrumur á hluta heilans og nánast alltaf veldur dauða. Manneskjur og flestar aðrar spendýr geta skilið sjúkdóminn. A veira þekkt sem rhabdovirus sem fer í munnvatnskirtla veldur hund
