Eftir að hafa fengið gráðu BS síns, Hoffmann inn Harvard University náms framhaldsnám í efnafræði. Árið 1959 hlaut hann að samfélag að mæta í sumar forrit í skammtafræði efnafræði við Háskóla Uppsala í Svíþjóð. Þar sem hann hitti Eva Börjesson, sem hann giftist árið 1960. Það ár, Hoffmann fékk einnig meistaragráðu frá Harvard. Hoffmann og kona hans eyddi svo ári í Sovétríkjunum, þar sem Hoffmann var skiptinemi við háskólann í Moskvu. Þeir höfðu síðar tvö börn: a. Son, Hillel Jan, og dóttir, Ingrid Helena
Reglulegur Bandaríkjanna árið 1961, Hoffmann byrjaði að læra kennilegri efnafræði undir William Nunn Lipscomb, Jr, sem efnafræði prófessor sem myndi fara að vinna 1976 Nóbelsverðlaun í efnafræði fyrir kenningar hans efna skuldabréf í bórsambönd. Hoffmann gerði snemma notkun á tölvum til að hjálpa leysa vandamál í lífrænni efnafræði, rannsókn á efna sem innihalda kolefni til kolefniskeðjur. Hann lýsti efnaferla í skilmálar af skýjum rafeinda í atómum sem taka þátt. Sækja um núverandi meginreglu kallast Hückel regla -sem auðkennir fjölda rafeinda í sporbraut ský kringum gefið sameind-Hoffmann notað tölvuforrit til að reikna út rafræna uppbyggingu bór hydrides og polyhedral sameindir. Hoffmann fékk doktorsgráðu gráðu í kennilegri efnafræði frá Harvard árið 1962.
Eftir earnings doktorsnámi, Hoffmann fékk þriggja ára samfélag til að halda áfram rannsóknum í hagnýtri kennilegri efnafræði í Harvard. Árið 1964 hóf hann að vinna með virta lífræna efnafræðingur Robert Burns Woodward. Woodward myndi vinna Nóbelsverðlaun í efnafræði árið 1965 fyrir framlag sitt til lífrænum myndun, efna tvíverknað kolefni-undirstaða efnasamböndum.
Hoffmann eftir Harvard árið 1965 og tók sér stöðu sem lektor í efnafræði við Cornell University í Ithaca, New York. Hann hélt áfram starfi sínu með Woodward, þó. Árið 1965, Woodward bað um hjálp Hoffmann er eftir Woodward ljós að ákveðin efnahvörf ekki fram í áætlaðan hátt á að reyna að mynda (skapa með efni) B12 vítamíni. Woodward og Hoffmann nota skammtafræði til að þróa reglur sem myndi gera vísindamenn að spá hvort tiltekin samsetning af efni mun leiða í viðbrögðum. Skammtafræði er sviði eðlisfræði sem lýsir uppbyggingu atóm og hreyfingu í lotukerfinu ag
