Á World War II (1939-1945), Muiiiken var forstöðumaður ritstjórn og upplýsingar Háskóli Chicago plútoni Project, deild bandaríska stjórnvalda Manhattan Project, leyndarmál markáætlun til að framleiða kjarnorkusprengju. Eftir stríðið, aftur hann tilrauna og fræðilegar greiningar hans á sameinda uppbyggingu og litróf. Hann þróaði charge flytja Túlkun litróf gjafa-samþykkjandi sameindaflókum, reiknað spectral styrkleika, val Rules útskýrðir einkenni umbreytingum í sameindalíffræði litróf, og unnið út kenningar um lífrænar sameindir í hyperconjugation auk hugtakið íbúa greiningu. Árið 1952 notaði hann skammtafræði vélrænni kenningu til að greina samspil milli Lewis sýru og basa sameindir. Í 1960, lærði hann á uppbyggingu og rófið ekki aðeins sameinda vetni, helíum, köfnunarefni og önnur lítil sameindir, en einnig flókinna sameinda stærða.
Mulliken var kjörinn til aðildar í National Academy of Sciences í árið 1936 og var einnig meðlimur í American Academy of Arts og vísindi, American Chemical Society og American Philosophical Society; erlendur aðili að Royal Society í Bretlandi á; heiðursfélagi í Société de Chimie physique; og samsvarandi meðlimur í Royal Society of Science í Liege. Hann var einnig félagi í American Physical Society og American Association til framfara of Science, og Honorary Fellow við Chemical Society Stóra-Bretlands og Indian National Academy of Science.
Í 1965, Muiiiken Hóf eyða hluta af hverju ári sem frægur prófessor í Chemical Physics við Institute of Molecular Lífeðlisfræði við Florida State University í Tallahassee. Í viðbót við Nóbelsverðlaun, veitt í 1966 fyrir hans "grunnvinnu Dwar Efnatengi og rafræn uppbyggingu sameinda með sameinda svigrúm aðferð," Muiiiken mótteknar fimm verðlaun frá American Chemical Society Á 1960: GN Lewis Medal, sem Theodore William Richards Medal, Peter Debye Award, John Gamble Kirkwood Award, og J. Willard Gibbs Medal.
